日前，国家税务总局办公厅下发《关于开展海关进口增值税专用缴款书核查信息化管理工作的通知》（税总办发〔2019〕53号），税务总局决定联合海关总署共同开展海关缴款书联网核查信息化管理工作，在抵扣凭证审核检查管理信息系统（以下简称“核查系统”）中增加海关缴款书联网核查功能，通知自6月1日起施行。
通知明确，系统功能启用后将有五大变化：
将收发函的传递方式由邮寄调整为通过核查系统实现；对稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，主管税务机关收到纳税人申请后，发函时限由15日调整为7个工作日；
纳税人申请数据核对时，需提供海关缴款书、其他资料和与原件一致的电子影像资料，不再需要提供海关缴款书复印件；对稽核比对结果为重号的海关缴款书，由主管税务机关通过核查系统向重号方主管税务机关发函，如需要可通过核查系统向税款入库地直属海关发函，进行核查；
税务机关在对稽核比对结果为重号的海关缴款书核查时，可通过审核企业外汇付汇信息、进口合同信息等资料对企业海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致性和真实性进行确认。
通知强调，海关缴款书核查相关工作严格按照《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法的公告》（税务总局公告2019年第31号）和《国家税务总局海关总署关于实行海关进口增值税专用缴款书“先比对后抵扣”管理办法有关事项的通知》（税总发〔2019〕76号）执行。
在新功能正式启用后，未完结的核查工作仍按原有纸质方式回函。新的核查工作任务，应通过核查系统实施，如遇特殊情况，可采取原有模式进行特别处理，并对未使用核查系统开展核查工作的特殊情况做出文字说明存档备查。
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