我国软件业享受的税收减免主要涉及增值税和企业所得税。国家持续调整和完善减免税政策，促使软件业得到了快速发展。同时，各级税务机关应及时跟进并贯彻落实最新的税收减免优惠，进一步优化减免税流程，更好地发挥减免税的作用。
税收专业化管理可以打破以往按地域划分管理权的固有思维，按行业大类划分税收管理单位。实行专业化管理，软件业税收管理员可以密切关注单一行业企业，深入研究软件业的减免税政策，开展针对性管理，从而提高税收管理工作的效果，提升减免税政策实效。
现阶段软件企业享受减免税退税依然存在着流程繁杂，退税时限不确定，企业对享受减免税的政策、程序、材料掌握不清楚的情况，税务机关应进一步规范减免税办理流程，精简上报材料，减轻企业办理减免税负担。
在企业报送资料方面，可以通过网络办理减免退税申请，同时规范软件企业减免税登记和备案文件，从而缩短减免税办理时限、简化办税流程，使企业办税由多次往返变成一次完成；还要简化规范申报资料，统一申报模板，减少企业申报材料数量，做好宣传及辅导工作，让企业明明白白申报，轻轻松松办税。在内部审批方面，规范减免退税审批时限，缩短审批流程，提高减免税审批的效率，切实做到减免退税“月税月退”，让企业及时、足额地享受到税收优惠，退税资金按时到位。
为了进一步保证减免税优惠的落实及公平性，税务机关在认真落实优惠备案制的同时，应加强对软件企业享受优惠的事后监管，以免发生违法享受减免行为，保证公平与公正。
减免税核算数据对于辅助分析行业经济和税收未来走势，衡量政策效应具有重要作用，这就要求税务机关加强对减免数据的采集工作，建立科学的政策效应分析机制。
数据采集是数据核算的基础，现阶段“金三”系统对一些减免税数据的采集还不够充分和细致，比如，服务外包零税率相关优惠就缺少直接的数据查询功能，无法掌握到实时的、具体的减免信息。全面、准确、高效的数据采集工作，对减免税数据实时把控，是对减免税政策落实情况、政策效益进行分析的基础，所以应加强数据采集工作，扩充数据采集的项目、丰富数据查询内容，比如，总量规模、主要减免项目以及减免地区、行业、企业分布情况等，以便后续进行科学合理的分析。
同时，应建立科学的政策效应分析机制，以全面、准确的数据为基础，利用合理的数据分析模型，在使用中不断修正，结合实际进行测算和分析，及时掌握和反映税收优惠实施效果，同时参考落实政策的情况和经济发展走势，进一步掌握减免税的落实程度和普及面，及时提出税收减免优惠调整和完善的建议。
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