误区一：企业发生的佣金及手续费支出都必须进行纳税调整
企业会计制度规定：企业发生的手续费及佣金支出，在销售（营业）费用中据实列支；购买固定资产、无形资产等长期资产过程中发生的佣金及手续费作为资本性支出通过折旧、摊销等方式进行分期扣除；购买存货可准确归于特定存货对象的，计入存货采购成本，反之计入当期损益；企业发行权益性证券手续费及佣金支出借记“资本公积－股本溢价”等科目，贷记“银行存款”等科目，发行失败，则相应的支出直接记入当期损益；企业发行债权性证券而发生的手续费及佣金支出作为借款费用处理，属于资本性质支出的，应予以资本化，反之则直接计入当期损益；《企业会计准则第25号－原保险合同》第十七条规定，保险人在取得原保险合同过程中发生的手续费、佣金，应当在发生时计入当期损益。
以上是会计制度上对手续费及佣金支出的会计处理规定，是否需要进行纳税调整，还应根据税法相关规定进行判断。财税〔2009〕29号文对手续费及佣金支出的扣除比例进行了规定，并应同时具备至少包括五个方面的条件：企业实际发生的；与企业的生产经营相关的；需要签订书面合同或协议；签订合同或协议的单位或个人应该具有“中介服务”的经营范围以及中介服务资格证书；签订合同或协议的单位或个人，不包括交易双方及其雇员、代理人和代表人等。因此超过比例的，以及不能同时满足上述五个方面条件的手续费及佣金支出不能在税前扣除，需进行纳税调整。
误区二：企业发生的佣金和手续费支出税前扣除标准都按企业当年全部总收入的5%计算限额扣除
财税〔2009〕29号文规定，财产保险企业按当年全部保费收入扣除退保金额后余额的15%计算限额；人身保险企业按当年全部保费收入扣除退保金等后的余额10%计算限额。《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第四条规定电信企业在发展客户、拓展业务等过程中，需向经纪人、代办商支付手续费及佣金的，其实际发生的相关手续费及佣金支出，不超过企年当年收入总额5%的部分，准予在企业所得税前据实扣除。除上述规定之外的其他企业按与具有合法经营资格中介服务机构或个人（不含交易双方及其雇员、代理人和代表人等）所签订服务协议或合同确定的收入金额的5%计算扣除限额，强调扣除标准仅限于企业与具有合法经营资格中介服务机构或个人所签订单笔服务协议或合同确定的收入金额计算税前扣除限额，而不是按企业当年的全部收入总额计算。
误区三：无论哪种形式支付佣金与手续费都能税前扣除
财税〔2009〕29号文对手续费及佣金支付方式进行了明确规定，除委托个人代理外，企业以现金等非转账方式支付的手续费及佣金不得在税前扣除。财税〔2009〕29号文杜绝了现金佣金，从某种程度上防止了企业避税。所以企业支付手续费及佣金时一定要符合规定，否则真实发生的佣金与手续费支出也不能在税前进行扣除。
误区四：手续费、佣金支出可与代理费、销售折扣和回扣等名目转换
根据民法规定，代理人和代表人只能根据授权人授权，在授权范围内行使代理或者代表工作，本身不能超出授权活动，因此不属于中介性质，其所发生代理费不受此文件限制。“回扣”根据《反不正当竞争法》第八条规定属于商业贿赂性质支出，自然不得在税前扣除。“销售折扣”“返利”属于交易双方也即销售方给予购买方所达成的让价让利行为，是一种促销激励手段，与手续费及佣金不能等同，其所发生的折扣及让利按照其他相关规定处理。“业务提成”一般是企业内部员工或销售人员根据达成的业务量，企业给予一定比例的劳务报酬，一般会计核算直接计入“销售费用”科目或工资薪酬范畴。“进场费”是商业企业凭借其渠道优势而向供应商收取的一次性的“入门费”是一种商业活动行为，与销售对方商品数量和金额及服务无关，支付方可凭合法有效凭证据实在税前扣除。
财税〔2009〕29号文强调不得将手续费及佣金支出变通为进场费等费用处理，意在防范企业将存在税前扣除限额的项目混为据实扣除的项目。
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