第一类风险：发票与付款的顺序问题
1.有发票=已付款
法院认为：《发票管理办法》规定，发票是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。持有发票者认为已支付款项后取得发票，对方不能举出有效证据证明付款事实不存在，因此判定有发票者已付款。
解决办法：一方面完善合同，如果有先开发票后付款等情况存在，一定要在合同中写明，法院支持这种约定。另一方面如果合同中未写明，也来不及修改合同，那就请对方在签收发票时写明款项未付，避免事后的纠纷。
注意：《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》(法释【2012】8号)规定“出卖人仅以增值税专用发票及税款抵扣资料证明其已履行交付标的物义务，买受人不认可的，出卖人应当提供其他证据证明交付标的物的事实。合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的，人民法院应予支持，但有相反证据足以推翻的除外。”
2.“先开票后付款”条款约定的作用
法院认为：卖方先行开具发票、买方再行付款的一致意思表示，该意思表示为当事人真实意思表示，且未违反法律规定，法院应予尊重。
注意：开票就产生纳税义务，未收到款就缴税，可能会加重负担。
3.不开发票不付款
法院认为：买卖合同中主义务具体为卖方交付货物转移货物所有权，买方支付货款并受领标的物，履行开具发票义务并非合同的主要义务。因此开具发票的义务不能构成卖方拒付货款的同时履行抗辩权。
税务局认为：卖方必须开具发票，并对不开发票行为依据相关政策进行处罚;付款行为是民事行为，对不付款行为不予支持。
第二类风险：发票开具问题
1.对方拒开发票
税务局认为：对不开发票行为依据征管法和《发票管理办法》，责令其限期改正，可处罚款，对仍不开具发票的，税务机关收缴其发票或者停止向其发售发票，由税务机关为相应纳税人代开发票。
2.对方不开发票造成损失，请求赔偿
法院认为：主张经济损失，法院予以支持，按照公平原则，损失应由卖方承担。
注意：对方不开发票造成损失，可向法院请求赔偿，向税务机关请求对方开具发票。
第三类风险：发票的作用问题
1.仅用发票证明买卖关系
法院和税务机关认为：发票仅是结算工具，不能替代买卖合同，不能充分证明买卖关系。
解决办法：这会为企业带来双重风险，在实际工作中经常是业务先发生发票后取得，很多会计在业务发生时不进行账务处理，等到发票取得时再进行处理，这就为税企争议埋下了伏笔，如果没有其他的材料进行佐证，企业可能面临法院和税务机关都不支持的风险。
2.债权转让带来虚开风险
税务局认为：从表面上不符合物流、资金流和票流合一的要求。
解决办法：提供交易和债权转让的相关资料，证明交易实质真实。
