就在大陆解放军宣布在南海海域举行军事演习之际，台湾方面6日也证实将派遣舰艇执行南沙太平岛运补任务，南海仲裁案发布当日，台湾可望至少有一艘大型舰艇停泊在太平岛。
总部设在海牙的国际仲裁庭预计将在12日裁决菲律宾单方提出的与大陆在南海的纷争问题，可能使南海紧张局势进一步升温。据台湾联合新闻网报道，台湾“海巡署”近日将派遣舰艇，执行“碧海项目”南沙太平岛运补任务，“凸显主权在我事实”。“海巡署”6日证实了上述消息，称“碧海项目”将按原定规划实施。但由于强台风登陆，后续将审慎评估出发时间。有官员称，以南部机动海巡队大型舰艇而言，太平岛单趟航行时间约两天半，执行碧海任务的舰艇要赶在台风前或台风后出发，须视台风路径进一步评估。报道还称，台湾海军舰艇是否随行，因时机敏感，高层还在考虑。
《联合晚报》6日透露，台“外交部”与“国安会”沙盘推演准备多套腹案，等仲裁案出炉后表达立场，主要原则是“坚持主权，不挑衅大陆，也让美方满意”，将重申各方主张都要依据海洋法与海洋公约，维持各地区在南海航行与飞行的自由权利。“外交部长”李大维日前称，“对国家主权绝对坚持，不会妥协”。
对于蔡当局的主张，“新台湾国策智库副执行长”林廷辉称，仲裁结果对蔡英文当局冲击小，但后续大陆和美国持续角力的政治效应，才是蔡要面对的难题。淡江大学国际研究学院院长王高成认为，从蔡英文就职演说可以看出她采取缓和路线，发言要保持温和反应，“第一是维护主权，延续一贯的外交政策;第二是不要在复杂的中美竞逐中选边站”，如马英九时期的“不参与，也不接受”，蔡当局无须在仲裁结果出炉后表达接受与否的立场。
过去曾有民进党人主张放弃南海，甚至有亲绿学者声称“太平岛没有水也没有土，都是外来的”，菲律宾律师就是根据其观点，在仲裁庭上说太平岛不是岛。因此，蔡英文的南海政策一直都受到关注。今年4月，马英九曾表示他与蔡英文见面时直言“这是领土问题，不能分党派”，政治立场再怎么不同，面对南海问题立场要一致。联合新闻网6日称，蔡英文当局接掌政权后，至今尚未对南海议题表态，但从部分绿营政治人物的说法也许可推知梗概。民进党“立委”王定宇6日在脸谱称，菲律宾提出的南海仲裁案五大重点并无主权诉求，也未将太平岛列入裁定目标，“马英九卸任前，在那边忙什么?为何而忙?我只能说‘鬼才知道’”。台湾《旺报》称，蔡英文在就职演说中表态“有责任捍卫中华民国主权和领土，对于东海及南海问题，我们主张搁置争议、共同开发”，等于否定绿营智库“放弃南海主权”的主张，不过当仲裁结果出炉后，蔡英文如果顶不住美日“反中”压力，贸然松动上述立场，恐在两岸投下超级震撼弹。
