1、会计科目设核算不够科学，级次设置有问题，给会计核算及财务管理带来麻烦。
在一次审计中，发现某公司的“会计科目级次复杂，最多达到9级，中间许多只有下级，没有上级，级次设置缺乏逻辑。
2、采购材料直接入成本，未通过原材料核算
购买原材料直接列入“生产成本”科目，这样，不符合原材料核算的规定。
3、购进货物在途中发生非正常损失，未进行增值税进项税额转出
运输途中正常的损耗计入当批材料的采购成本。如果是运输途中的非正常
损耗，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条“非正常损失的购进货物的进项税额不得从销项税额中抵扣”的规定，货物所含进项税额不能申报抵扣。有关账务处理如下：
①购进货物付款时：
借：在途材料
应交税费----应交增值税(进项税额)
贷：银行存款
②确认购进货物被盗后
借：待处理财产损益--待处理流动资产损益(该科目年终不留余额)
贷：材料采购
应交税费----应交增值税(进项税额转出)
4、已核销的坏账收回时进行错误的会计处理，并且未调增应纳税所得额
①错误的处理方法为
借：银行存款
贷：坏账准备
②正确的处理方法为
借：应收账款
贷：坏账准备
借：银行存款
贷：应收账款
5、购买汽车的全部税费均列入了固定资产价值
购买汽车，除了车子本身价款外，还包含哪些?“固定资产-汽车”的原始价值应包括购车价款、车辆购置税、车险、车子装潢等购买时所发生的费用。实务中很多企业将车船使用税也计入了汽车价值，车船使用税应列入“管理费用”的科目核算。
6、固定资产入账没有取得合法的入账依据
根据《企业会计制度》第二十七条规定：固定资产在取得时，应按取得时的成本入账。取得时的成本包括买价、进口关税、运输和保险等相关费用，以及为使固定资产达到预定可使用状态前所必要的支出。固定资产取得时的成本应当根据具体情况分别确定。若无法取得固定资产购置时的正规票据等真实凭据，可以评估入账，并可以按照评估入账的价值计提折旧，但是在税务处理上不能在税前扣除。
7、土地入账混淆记入“固定资产”与“无形资产”，土地应区分下列情况入账
①行政划拨的土地
A、是以前行政划拨，后来评估作价投资等形成的土地，由于没有使用期，所以不能摊销折旧，作为固定资产管理，单独入账。
B、行政划拨，未作价投资的，不进行会计处理，但实物视同固定资产管理。
②土地使用权
A、《企业会计制度》下的会计处理
企业购入或以支付土地出让金方式取得的土地使用权，在尚未开发或建造自用项目前，作为无形资产核算，并按本制度规定的期限分期摊销。
企业因利用土地建造自用某项目时，将土地使用权的账面价值全部转入在建工程成本，完工后再一同转入固定资产入账。
B、新会计准则下的会计处理
新会计准则及指南规定：购入自用的土地使用权通常应确认为无形资产;企业外购土地及建筑物支付的价款应当在地上建筑物与土地使用权之间进行分配，分别确认为无形资产和固定资产;如果地上建筑物与土地使用权之间确实难以合理区分的，其土地使用权价值仍应确认为固定资产原价。
8、银行借款未按权责发生制原则计提利息
对于银行利息的会计处理，一般是根据银行寄来的利息扣款凭证直接进财务费用，年终对于银行未扣款的利息则不予以处理，一是不符合权责发生制原则，二则存在税务风险。
9、长期借款会计核算未包含应付利息
长期借款的核算，按照会计制度规定，长期借款核算内容应包括借款本金和应计利息。有些公司在核算长期借款时，长期借款科目只含本金，应付利息列入其他应付款。流动负债和长期负债界限不清。
10、在计提应付工资时反映代扣款项
有些公司在计提工资时，代扣社会保险和个人所得税等项目，
借：管理费用，
贷：应交税金-应交个人所得税
贷：应付工资
而不是在实际发放时的分录中反映扣款，造成“应付工资”科目的贷方与计入各成本费用中的“工资”明细科目金额不符，不利于统计相关数据。
11、在计提奖金时，未通过“应付工资”核算
在计提员工奖金时，不是通过应付工资科目进行核算，而是通过其他应付款核算，或直接支取现金，科目使用不当，也不利于统计。
12、代缴社保未实行挂账处理
每月缴纳职工社保时，包括个人应缴部分，全额计入“生产成本—基本养老保险”等，在发放工资时，把个人扣款再冲销“生产成本”。如此核算，已缴数及实扣数是否一致，无法核对。
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